Οι διοικητικό – οικονομικές υπηρεσίες της ΑΕΜΥ Α.Ε. εφαρμόζουν σύστημα διαχείρισης έργων σύμφωνα με τις προδιαγραφές του προτύπου ΕΛΟΤ 1429 για το οποίο η εταιρεία έχει λάβει Βεβαίωση Διαχειριστικής Επάρκειας Τελικού Δικαιούχου ΕΣΠΑ 2007-2013 από την Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης του Υπουργείου Υγείας και Κοινωνικής Αλληλεγγύης ώστε να έχει τη δυνατότητα λειτουργίας ως φορέας υλοποίησης και διαχείρισης κρίσιμων έργων στον τομέα της Υγείας και Αποκατάστασης.